O Jardim Botânico da Madeira dedica-se à investigação da Flora Macaronésica e em particular ao estudo da biodiversidade vegetal do arquipélago da Madeira. A investigação desenvolvida nesta instituição incide sobre vários aspectos da sistemática e biologia das plantas, essenciais para a conservação da diversidade vegetal e de outros ramos de investigação.
O Jardim Botânico da Madeira reúne nos seus quadros peritos em florística, sistemática e evolução, e conservação da Flora Macaronésica. Presentemente, alguns grupos de plantas estão a ser estudados, com destaque para as orquídeas madeirenses (Goodyera, Dactylorhiza, Orchis, Gennaria e Neotinea), Digitalis e Isoplexis (Dedaleiras), Echium (Massarocos), hepáticas (Porella).
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